先日iPhoneにiOS9をクリーンインストールした際に、一部のアプリが正常に復元されなかったので、Appleのサポートドキュメントでヒントを探していたところ、「iOS9で作成したiCloudバックアップを復元すると、同じモデルのiOSデバイスにしか復元されない」といったバグが2015年9月25日付で発表されていました。
不思議とあまり話題にはなっていないようですが、iCloudを使ってiPhoneやiPadを運用されているのであれば、注意したほうが良いかもしれません。
iOS9復元時にアプリやデータが消失するバグ
今回のバグは、最新の状態にアップデートしていないアプリが消失するケースが多いようで、Appleはすべてのアプリを最新版にアップデートすることを強く推奨しています。
新しい iOS デバイスをバックアップから復元する前に、お使いの App がすべて最新であることを確認した上で、あらためてバックアップを作成してください。
これは、お使いの App とその関連データをすべて新しい iPhone または iPad に正しく移動する上で重要な作業です。
引用：Appleサポートドキュメント
ついついアプリのアップデートを保留にしがちですが、バックアップを取る前には、すべてのアプリを最新版にアップデートする習慣をつけた方が良さそうです。
iCloudから復元した際にデータ消失した場合の対処方法
機種変更でデータ移行（復元）をした際に、アプリやデータが消失したのであれば、元のデバイスでバックアップを再度行い、新しいデバイスでiCloudから復元をすることで、問題を解決できる可能性があります。
手順1.アプリをアップデートして再度バックアップ（機種変更前のデバイスを操作）
App Storeで「アップデート」を開き、右上の「すべてをアップデート」をタップ。
すべてのアプリのアップデートが完了したら、「設定」>「iCloud」>「バックアップ」>「今すぐバックアップを作成」をタップして、再度バックアップをしてください。
「設定」>「iCloud」>「容量」>「ストレージを管理」>「デバイス名（iPhoneの名前）」の順にタップして、バックアップが完了していることを確認してください。（バックアップが完了すると日時やサイズが表示されます）
手順2.iPhoneを探すをオフ（機種変更後のデバイスを操作）
次に「設定」>「iCloud」>「iPhoneを探す」をオフにする。
手順3.iPhoneを工場出荷状態に初期化してiCloudから復元する（機種変更後のデバイスを操作）
次はいよいよ、新しいデバイス（機種変更先）の初期化と復元です。
新しいデバイスで、「設定」>「一般」>「リセット」>「すべてのコンテンツと設定を消去」>「iPhoneを消去」の順にタップ。（初期化が行われます）
データの復元について聞かれたら、iCloudバックアップを選択して復元してください。
つぶやき
私の場合はiTunesを使ったので、今回の問題には当てはまらないのですが、恐らく似たような原因なのかもしれません。
それなりに遊んでいたアプリだったので、少し残念(´-﹏-`；)
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