このやり方でブックマークできるようになりました！
情報ありがとうございます！
でも壊れたブックマークは復活しないですね…。

新しいアップデートにも修復情報なし。

まず、Safariに登録する際にブックマークではなくてお気に入りに入れます。
その後、そのサイトの保存場所をブックマークの任意のフォルダに変更すると大丈夫でした。

すんません
その、アップデート後に、作ったフォルダに、新たに追加したブックマークもこわれました。
もうお手上げ。

iOS 11.3にしたら、ブックマークに新しいフォルダを作成します。
以降はそこに保存すると、ブックマークが空白になる現象は起きません。
また、iOS 11.3後に作成したフォルダに、バージョンアップ前に作成したブックマークを移動させると、このフォルダが消えます。

iOSをバージョンアップする前に作成したブックマークやフォルダを編集すると、この現象に巻き込まれます。
いまのところ新しいフォルダを作成して、そこに保存することくらいしか対処はなさそうです。

そして、ブックマーク開かなくなった。
履歴とwebサイトデータ消去でやっと開くようになった。
使い物にならないのでSafariやめることにします。

無傷なブックマークを別フォルダへ移行させ壊れたブックマークを含むフォルダを削除したところ移動させたフォルダごと消失した。

今 お気に入りに追加したブックマークが壊れた所。